Credo che la frase "ogni tanto avverto un fastidio al ginocchio dopo le uscite lunghe. Non è un dolore invalidante, ma mi fa pensare che qualcosa nella posizione non sia perfetta" possa risultare tanto esplicita quanto fuorviante per definire una correlazione tra posizione e fastidio.
Ogni tanto è troppo generico, devi capire tu stesso se con la bici precedente quel "ogni tanto" non si presentasse realmente mai. E poi domandarti: da qualche mese ho la bici nuova, cosa è cambiato? Magari la posizione non è esattamente la stessa, magari hai aumentato i carichi (km e ore in sella)? Oppure: c'è un'altra variabile esterna che ti può aver infiammato il ginocchio e che poi ovviamente ricade sulla pedalata che non fa altro che tirar fuori un fastidio esistente? E ancora: quindi è un ginocchio soltanto (e questo è già diverso che per entrambe, nell'ottica di cercare una soluzione)? E poi fastidio al ginocchio, sì ma dove?!? E' generico, come vedi troppe informazioni generiche non possono che generare soluzioni generiche. E ci sta, per quanto riguarda il forum, nessuno di noi che commenta ti ha visto pedalare o in sella, quindi si entra un po' nel vago, nel probabile, nel potrebbe essere.
Rischi di entrare nel loop di molti che cominciano a spostare, avanzare, abbassare, regolare, in continuazione senza trovar pace.
A mio avviso, visto che l'unica cosa che mi pare sia chiara è che il fastidio sia episodico/saltuario, e non invalidante al punto da non consentirti di tornare in sella, ad esempio, dopo 1 o due giorni, sei comunque in una fase in cui non c'è nulla di grave che richieda prima una terapia e riposo per ripristinare la corretta funzionalità dell'articolazione. E questo è un gran vantaggio!
Così, genericamente, mi verrebbe da dire che se il problema è il ginocchio, e immagino la rotula o la parte poco sopra (tendinopatia?) o poco sotto, certamente una posizione in sella più bassa o più avanzata non aiuta. Ma in questo caso dovrebbe dar più fastidio se si fa salita/dislivello, perché è proprio quel tipo di spinta che tende ad infiammare quella zona. Ma potrebbe essere uno dei menischi, alla fine non bisogna essere calciatori per avere dei problemi al menisco: vengono fuori anche solo semplicemente con l'età, per usura.
Quindi il mio suggerimento è di andarci cauto con i cambiamenti, e nel caso cambiare una cosa alla volta e poi dare il tempo al corpo di adattarsi tenendo la nuova posizione almeno due settimane, se non di più (a meno di altri problemi veramente fastidiosi che la posizione nuova potrebbe far insorgere). A volte potrebbe bastare un piccolo ritocco alla tacchetta della gamba con il ginocchio con fastidio e si risolve, lo dico per esperienza, soprattutto agendo sulla rotazione. Però per prima cosa cerca di localizzare il fastidio, di essere più preciso, perché in questo modo avranno più senso le azioni che metterai in atto agendo sulla tua posizione.