È una cosa che succede anche a me quando faccio le rarissime fatture che mi chiedono, il totale è un importo X meno l'Iva dovrebbe diventare un importo Y, però quando il software magari va a fare la sottrazione dell'Iva da ogni singolo prodotto invece che dal totale, può esserci una differenza di alcuni centesimi dovuta a tutti gli arrotondamenti.
Anche se di solito la differenza è pochi centesimi non un euro abbondante.