Grazie dei consigli.
In effetti anche io facevo atletica e non ho mai sofferto di nulla alla bandelletta: forse avevo la muscolatura più sviluppata, forse ero più giovane (ora ho 43 anni), facevo tanto sport con le gambe, le ginocchia, i tendini: erano continuamente sollecitati ma anche allenati.
Ecco, però ora siamo a livello di patologia che si ripresenta puntuale e in abbinamento a certe circostanze. Forse ho introdotto conclusioni sbagliate, magari non è un problema di pronazione, magari sono un supinatore che per contrastare questa sensazione, correndo, tende a chiudere sull'interno e a sollecitare in maniera anomala la bandelletta. Sta di fatto che ho tutte le caratteristiche per avere quel male lì: varismo sia delle ginocchia che della tibia, il piede cavo non mi aiuta perché mi rende difficile l'appoggio dell'avampiede, e quindi o corro quasi di punta (e quando facevo 200 e 400 in pista correvo così), oppure se cerco di spostare l'appoggio trovo subito il tallone: ciò spiegherebbe il perché abbia trovato benificio con una suoletta che ha un sostegno proprio nella zona dove l'arco del piede è più pronunciato, funziona in un certo senso riempiendo il vuoto e dando stabilità all'appoggio.
Mi piace il quadro che sta venendo fuori, ti ringrazio Ubaldo per le dritte che mi stanno aiutando a fare chiarezza: ottimo il consiglio di fare dei brevi con le Free, nelle quali, come dici, è impossibile inserire qualsiasi suoletta (non riuscirei proprio a calzarle): una certezza c'è, che quando le ho usate mi hann fatto male i muscoli, molto i polpacci, ma era un indolenzimento normale, e la bandelletta non ha dato nessun segnale anomalo.
Sul fatto che qualcuno dovrebbe vedermi son d'accordo, forse riesco a farmi vedere a breve da qualcuno esperto, in effetti è importante.
Grazie per gli esercizi, li inserirò insieme a quelli di streching volentieri: oltre alla bandelletta, la fitta parte da lì e poi risale lungo tutto l'apparato muscolare a lato del quadricipite, fino all'inguine e anche un po' all'anca. Quando torno a casa non solo faccio fatica a piegare/stendere il ginocchio, ma ho un indolenzimento su tutto l'inguine, fino all'interno, che mi dura fino al giorno seguente. Un tempo mi era capitato anche in bici, quando presi le scarpe nuove, ed era la tacchetta troppo arretrata; poi è intervenuto Emanuele che se n'è accorto subito. Avanzata la tacchetta, sparito il male. Se si potesse far così anche con la corsa

Ma in effetti quello che sto cercando di fare io mettendo supporti all'interno della scarpa è simile allo spostamento della tacchetta: si tratta di impedire al piede di poggiare in modo anomalo, soprattutto quando sono stanco, creando tensione inutile alla bandelletta.
Comunque le uniche certezze che ho sono che:
1) Col caldo, a settembre/ottobre, il problema non si era nemmeno palesato lontanamente. E' arrivato insieme al freddo. Ergo devo fare più riscaldamento e mettere magari un po' di crema riscaldante sulla zona.
2) con le scarpe da trekking, o da trail, anche camminando molte ore e facendo salite e discese sconnesse, non ho mai sofferto di questa problematica. Ultimamente sono andato a fare trekking con i cani il 31 dicembre, e mi son fatto anche qualche corsa con loro su e giù nei boschi. Son tornato a casa senza un dolore.
Il che vuol dire che c'è qualcosa di anomalo (non di sbagliato) nel modo in cui appoggio il piede nel running. Ciò può dipendere dalle scarpe e dalla mia postura, quindi la soluzione va cercata lì, anche andando per tentativi, formulati però su ipotesi plausibili.