C'è una cosa che ho imparato a mie spese in questi anni: una volta che hai trovato la quadra (o presunta tale) con una sella (non mi riferisco solamente al modello, ma anche alla versione), non toccare più nulla, perchè anche appuntando e riportando tutte le misure con la massima precisione (o presunta tale), le sensazioni non saranno mai le stesse, ci sarà sempre qualcosa che non tornerà.

Scherzi a parte (ma fino a un certo punto), se sei veramente sicuro di aver riportato esattamente le stesse impostazioni che avevi con la Scratch prima di provare la Flite, io prima di fare qualsiasi altra modifica, avrei lasciato tempo qualche uscita al tuo fisico per "ritrovare" gli adattamenti perduti....potrà sembrare impossibile, ma credo che passare da un modello a un altro di sella (così come modificare le impostazioni a parità di sella) influenzi in qualche modo la nostra postura (non solo sul mezzo).
Stando a quanto scrivi non ho capito se prima di provare la Flite avevi considerato il CA a 12,5 o a 12 dal retro....hai scritto di aver riportato la stessa distanza CA/MC, ma se la misura era stata presa considerando il CA a 12cm e ora tu la riporti considerando il CA a 12,5cm, capisci che qualcosa non torna.
Sarebbe buona abitudine prendere sempre due o tre riferimenti, e non fare riferimento a uno solo (e anche così ci sarà comunque qualcosa di diverso).....se avessi preso anche la distanza retro sella/centro manubrio (tanto per fare un esempio), ti saresti accorto subito se qualcosa non tornava.
Altra cosa che non aiuta a capire, hai scritto che dopo aver avanzato la sella di 5mm è sparito il dolore al soprasella, ma è comparso un dolore alla pianta del piede destro....poi però scrivi che il PM ha rilevato un bilanciamento SX/DX a favore della gamba che spinge di più e sulla quale si è manifestato il dolore, peccato però che sia la sinistra e non la destra.....