Ciao sono anch'io di Verona (anche se in questi mesi sono a Londra, bellissime salite qui...

).
Scusa se mi inserisco solo ora e se chiedo cose gia' dette: ma hai in mano una DIAGNOSI?! Voglio dire: sindrome della bandelletta ileotibiale (dolore piu' acuto in corrispondenza del condilo femorale ext)? Tendinite inserzionale del bicipite femorale (dolore piu' acuto a livello della testa del perone)? Risentimento del menisco laterale (dolore piu' accentuato a livello dell'emirima)? A parte quest'ultima eventualita' (peraltro rara nel ciclismo, anche se non impossibile), per le prime che ti ho menzionato la diagnosi e' squisitamente clinica, ovvero la RMN risulta spesso negativa.
Bisognerebbe poi valutare sei hai qualche paramorfismo predisponente (ginocchia vare? varismo di avampiede?) C'e' poi il discorso della gamba corta, se la tua fisioterapista mi permette, non significa nulla obiettivare uno slivellamento del bacino e dire "va tutto bene": uno slivellamento del bacino NON VA MAI BENE: potrebbe dipendere da una gamba corta vera o (statisticamente piu' probabile) da uno squilibrio posturale (le catene cinetiche sono programmate in diversa maniera tra destra e sinistra a causa di tensioni a livello del lombo-sacrale); nel primo caso occorre spessorare, nel secondo occorre trovare qualcuno di competente (osteopata bravo che se ne intenda di ciclismo) che ti "rieduchi" al giusto gesto atletico.
Ma poi volevo chiederti: non ti fa male quando corri? Se e' cosi' e' abb strano...
Per quanto riguarda la posizione in sella, si puo' in generale dire che un dolore generico "all'esterno" del ginocchio e' segno di una "intrarotazione" della tibia rispetto al femore durante la fase discendente pedalata (sella alta, tacchette ruotate internamente ovvero con la punta della scarpa che punta troppo avanti).
Pero' secondo me (non sono un esperto per carita'!) dovresti FERMARTI (anche dal correre

) e metterti nelle mani di qualcono di competente (magari qualche biomeccanico del forum ti puo' consigliare) che ti aiuti ad avere una DIAGNOSI e che ti indichi una TERAPIA. Poi puoi pensare al posizionamento in sella, altrimenti rischi di perderti e di non riuscire piu' a giudicare se una posizione e' giusta oppure no... Cerca di essere razionale nell'affrontare questa sfiga, non avere fretta, e' sicuramente una cosa che si risolve... Tieni duro!
Tommaso